元管理吐蕃
元代的西藏沿称吐蕃,一直处于中央政府的直接管辖之下,元政府对该地区的管理十分重视。1253年,忽必烈征大理途中驻军六盘山,召见萨班,当时他已死,其侄八思巴由阔端之子蒙哥都护送,前来拜谒,并凭借其丰富的历史和佛教知识赢得忽必烈的信任,被留在身边。1260年忽必烈即位后,封八思巴为国师,1270年升为帝师、大宅法王,统领全国佛教,兼理吐蕃军民世俗事务,成为西藏地区最高宗教领袖和行政首领。1283年,元朝中央设总制院,后更名宣政院,协助八思巴帝师管理全国佛教及吐蕃事务。宣政院是秩从一品的高级官署,可以不经中书省而自行任命官员。
元朝还将吐蕃分成朵思麻、朵甘思、乌思藏三大行政区,各设一个略低于行省的宣慰使司都元帅府,还有若干宣抚司、安抚司、诏讨司等下属机构。前两个地区的官员由朝廷直接选派,而乌思藏地区的官员则由当地僧俗封建主担任。
为了表示对吐蕃的重视,忽必烈还将其子奥鲁赤分封在这里,并子孙世袭,他们参与处理吐蕃地区军政事务和平定叛乱的军事行动。中央集权进一步加强以后,藩王不得直接干预地方事务,这种职能被宣政院所取代。
元统治者为了加强与吐蕃的政治经济联系,还在乌思藏、朵甘思、朵思麻设置了小驿站35处,每站相距三五百里,配置的马、牛、羊比内地的多。吐蕃和内地来往的使者、商队都曾利用驿站的便利交通传递过文书、物资等。此外,元政府还在碉门、黎州设立榷场,方便与藏族人民的贸易往来。